Programele naţionale derulate de DGAFIMM sunt:
- Programul pentru pentru stimularea înfiinţării de noi întreprinderi mici și mijlocii – START-UP NATION ROMANIA;
- Programul pentru dezvoltarea culturii antreprenoriale în rândul femeilor manager din sectorul IMM – Femeia Antreprenor;
- Programul de dezvoltare şi modernizare a activităţilor de comercializare a produselor şi serviciilor de piaţă;
- Programul naţional pentru susţinerea meşteşugurilor şi artizanatului;
- Programul naţional multianual de microindustrializare;
- Programul pentru organizarea Târgului Întreprinderilor Mici şi Mijlocii – TIMM;
- Programul de accelerare a dezvoltării întreprinderilor mici și mijlocii
Pe lângă aceste programe, direcţia de specialitate a ministerului a implementat:
- Programul Româno – Elveţian pentru IMM-uri (PREIMM), program finanţat prin Contribuţia Elveţiană şi derulat de DGAFIMM în parteneriat cu CEC Bank, şi care constă în acordarea de credite pentru investiţiile realizate de IMM-uri;
- Programul ROMÂNIA HUB – ROMÂNIA, ŢARA TINERILOR ÎNTREPRINZĂTORI, program integrat de pregătire, care oferă studenţilor, întreprinzătorilor şi potenţialilor întreprinzători, informare, sprijin, asistenţă tehnică şi consiliere, precum şi un cadru instituţional pentru dezvoltarea capacităţilor antreprenoriale şi creşterea competitivităţii pe piaţa locală şi internaţională a întreprinderilor mici şi mijlocii.